Цель создания – охрана коренных южнотаежных лесов Европейской России, их флоры и фауны, в частности, бурого медведя.
Территория заповедника – важнейшая точка для глобального мониторинга в центре европейской части страны. Это связано с тем, что Валдайская возвышенность, на которой расположен заповедник, служит водоразделом крупнейших рек Европы: Волги, Западной Двины, Днепра.
Территория заповедника служит эталоном, поскольку находится на удалении от крупных источников загрязнения природной среды.
С 1985 г. заповедник входит во Всемирную сеть биосферных резерватов. Заповедник имеет один из самых лучших в России научных отделов и сотрудничает со многими научными институтами и организациями. Разработано множество маршрутов для экотуризма.